30 Ekim 1908 tarihinde Selanik’in Doyran ( Doirani) kasabasında doğmuştur. Babası orman memuru İsmail Hakkı Uzmay Şumnu, annesi Doyran Müderrisi Emrullah Efendi’nin torunu olan Şehdane Hanım’dır. Ailesi Balkan Savaşları’ndan sonra Anadolu’ya taşındı. Babası Anadolunun bir çok yerlerinde orman memuru, müfettişi ve müdürü olarak çalışmış ve daha sonra Bolu Milletvekilliğine seçilmiştir. Cumhuriyetin ilk tarih profesörlerinden birisidir. Türk Tarih Kurumu’nun asbaşkanlığını yapmıştır. Türk Tarih Tezi’ni ortaya koyan tarihçiler arasında yer alır. (Babasının görevi nedeniyle) sürekli tayinler sebebiyle yer değiştirdiğinden, ilk öğrenimini Adapazarı, Ankara, Mihallıççık (Eskişehir) ve Biga’da yapmıştır. 1920’de altı yıllık ilkokul diplomasını aldı. Bursa’ da okuduğu Kız Öğretmen okulundan 1925 te mezun olmuş İzmir’de Redd-i İlhak İlkokulu’nda göreve başlamıştır. İzmir’de öğretmenlik yaparken Atatürk ile tanıafa Kemal Atatürk tarafından Fransızca öğrenmesi için İsviçre’nin Lozan şehrine gönderilmiştir. Afet Hanım, 1925 yılında Redd-i İlhak İlkokulu’nda yeni göreve başladığı sırada bir çay ziyaretinde Cumhurbaşkanı Atatürk ile tanışma fırsatı buldu. Annesinin ailesinin Selanik’in Doyran kasabasından olması nedeniyle cumhurbaşkanının ilgisini çekti ve Atatürk ertesi gün ailesiyle tanıştı. Gazi Paşa’ya öğrenimini sürdürmek ve yabancı dil öğrenmek istediğini açıklamış olan Afet Hanım, kısa bir süre sonra Ankara’ya atandı. Bakanlığın izniyle İsviçre’nin Lozan şehrine Fransızca öğrenmek için gönderildi. 1927 de döndükten sonra bir süre İstanbul Fransız Kız lisesine (Nötre dame de Sion) devam edip öğrenim gördü. 1929 da ortaöğrenim tarih öğretmeni olmak için sınava girmiş, kazanmıştır. Ve Ankara Musiki Muallim mektebinde Tarih ve Yurtbilgisi derslerini okutmak üzere göreve başlamıştır. 1933 ten sonra da Ankara Kız lisesinde görevlendirilir.
Afet İnan, yabancı okullarda okuduğu tarih kitaplarında Türk milleti için kullanılan, barbar ve ikinci derecede ırk deyimleri millî hislerini rencide ettiği için öğretmenlerine itirazda bulunmuştur. Bu kitabı Atatürk’e gösterdiği vakit üzerinde ilgi ile durulmuş ve bu konularda çalışmak üzere tarihçileri bir araya toplayarak vazifeler verilmişti. Yurda döndükten sonra Kız lisesindeki derslerine devam etmekle beraber, Dil ve Tarih-Coğrafya fakültesinde Doçent vekili olarak atanmıştır. 1950 den sonraki ders yıllarında Ankara Fen Fakültesi, Hacettepe Üniversitesi, Ege Üniversitesi Eczacılık Fakültesi, Ankara Harp okulunda Türkiye Cumhuriyeti ve Türk Devrimi konularında dersler vermiştir. Tarih ve sosyoloji çalışmaları yanında Atatürk’e ilişkin araştırmalar da yapan İnan, bunları kitap olarak yayınladı. 1940 yılında kadın hastalıkları ve doğum uzmanı olan Rıfat İnan ile evlendi. Afet İnan 8 Haziran 1985 günü 76 yaşında Ankara`da yaşamını kaybetti. Arı adında bir kızı, Demir adında bir oğlu vardır.