Otoimmün hastalıklar, vücudun kendi dokularına ve hücrelerine immün yanıtla saldırdığı hastalıklardır. Sistemik lupus, tip 1 diyabet, zona hastalığı, çölyak, skleroderma, fibromiyalji, rozaseae, romatoid artrit, haşimato tiroidi, crohn hastalığı ve daha pekçok hastalık otoimmün hastalıklardandır. 

Genellikle otoimmün hastalıklar kardeştir. Bir kişide bir tanesi görülürse diğerlerinin görülme ihtimali artar. Belirtiler hastalığın türüne ve kişiye bağlı olarak değişmekle birlikte ağrı, ateş, yorgunluk, cilt döküntüleri genel belirtiler arasındadır. Özellikle otoimmün hastalıklara sahip bireylerde sindirim sistemi sorunları ön plandadır. Bu kişilerde bağırsak florası bozulmuş gaz, şişkinlik, kabızlık, ishal çok fazla görülmektedir. Sindirim sistemi fonksiyonlarının yeterli çalışmaması durumunda otoimmün hastalık sorgulaması mutlaka yapılmalıdır.

Otoimmün hastalıkların kesin bir tedavisi yoktur. Tedavi genellikle semptomları kontrol altına alma amacıyla yapılır. Fakat tıbbi beslenme tedavisi bu tip hastalarda tedavinin birinci aşamasıdır. Otoimmün hastalıklarda eliminasyon diyetlerinden sıklıkla yararlanılmaktadır. Eliminasyon süreci uzun ve dikkat gerektiren bir süreçtir. Belli bir süre boyunca diyetten bazı besin grupları çıkarılır, bağırsak toparlanır ve çıkarılan besinler tek tek denenerek geri eklenir. Geri eklemede sorun yaratan besinler varsa diyetten tamamen çıkarılır. Bu diyet modeli hastalığı tamamen tedavi etme üzerine değil, semptomlara neden olan besinlerin saptanmasına dayanır ve böylece hayat boyu rahatlama sağlayabilir.

Kişiler kesinlikle kendi başlarına eliminasyon diyeti yapmamalıdır. Birçok besin grubu çıkarıldığı için besin öğesi eksiklikleri görülebilmektedir, bu eksikliklerin görülmemesi için iyi bir beslenme uzmanıyla çalışılması gerekmektedir.